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紫外線殺菌器的殺菌原理是利用紫外線光子的能量破環水體中各種病毒、細菌以及其它致病體的DNA結構。主要是使DNA中的各種結構鍵斷裂或發生光化學聚合反應，例如使DNA中THYMINE二聚，從而使各種病毒、細菌以及其它致病體喪失復制繁殖能力，達到滅菌的效果。
紫外線殺菌波段主要介于200～300nm之間，其中以253.7
nm波長的殺菌能力最強。當水或空氣中的各種細菌病毒經過紫外線（253.7nm波長）照射區域時，紫外線穿透微生物的細胞膜和細胞核，破壞核酸（DNA或RNA）的分子鍵，使其失去復制能力或失去活性而死亡，從而在不使用任何化學藥物的情況下殺滅水或空氣中所有的細菌病毒。