藥品潔凈廠房布局建造，一般會從了解整個藥品廠房的生產流程、生產規模、制劑生產工序、人員、物品走向等方面的詳細內容才能進行設計布局。
一、藥品潔凈廠房布局
藥品潔凈廠房生產區域的布局，要合理，科學、環保，避免生產流程的來回重復，做好物流傳遞的耗時，便于生產操作、管理，防止污染存在。生產區、儲存區要根據生產規模布局要面積。儲存區的通道不得與其他區域的工作人員通道共用。制劑生產車間要配置生產輔助室，做好稱量室、備料室、暫存室、存放室、保管室、凈化機房、車間檢驗室等輔助室的規劃布局。
二、藥品潔凈廠房人流物流規劃
藥品潔凈廠房人員流動進出潔凈區域，有應由各自的凈化室、設施。人員進入潔凈區域必須要經過凈化系統，通過對應的凈化措施，更衣室、風淋門、緩沖室進行凈化，防止污染。且不同級別的凈化間，要區分，做明顯的標識，不可以混用。藥品潔凈廠房需要隨時留意潔凈室區域內空氣潔凈度的變化，物料自身的狀態、載體、性質、使用過程發生改變，都會引起潔凈室內潔凈度的變化。物料與載體自身的塵埃粒子、微生物粒子，物料流動轉化過程產生的塵埃粒子，物料運動導致的空氣流動變化，這一切都會成為主要的污染源，所以在藥品潔凈廠房的物料規劃也會比較注意規范、合理、科學布局。
三、藥品潔凈廠房潔凈區建筑
整個藥品潔凈廠房潔凈區的建筑要求，需要注意幾個方面，墻體、地面、門窗、頂棚與技術夾層、電氣照明設施。潔凈區的建設，不同與普通建設，對潔凈室內部的墻體、地面、天棚要形成弧度，做到平整、無縫銜接、嚴密借口、無顆粒脫落、不積灰、易清潔等效果。潔凈室門窗的要求較高，一般選擇不銹鋼門窗、鋁合金門窗、涂漆鋼門窗，門窗的玻璃，會選擇鋼化玻璃。潔凈室頂棚要求無縫密封、整潔、無脫落物產生，材質的選擇上，選擇易于清潔對的無孔材料。硬吊頂一般選擇鋼筋混凝土結構，承載負荷較大，安裝檢修需要方便、費用成本低的要求；軟吊頂采用鋁合金鋼化骨為基本結構，采用石膏板、彩鋼板封閉，經濟實惠，但維修麻煩。